Der FC Neuhadern e.V. wurde durch die Fusion der beiden Vereine FC Viktoria West und VfB Laim ins Leben gerufen. Dies geschah per notariellem Verschmelzungsvertrag zum 01.07.1999. Man hat diese Form der Fusion gewählt, um als gleichberechtigte Partner zusammenzugehen und keinem der Vereine das Gefühl zu geben, er würde "geschluckt". Dennoch musste es auch hier einen aufnehmenden und einen aufzunehmenden Verein geben. Nachdem der FC Viktoria West über eine wesentlich längere Geschichte verfügte, einigte man sich darauf ihn als aufnehmenden Verein zu bestimmen. Die Mitglieder des VfB Laim wurden daher, unter Beibehaltung Ihrer Vereinszugehörigkeit hinsichtlich Jubiläen, vom FC Viktoria West aufgenommen.

Im Zuge der Neufassung einer gemeinsamen Satzung beschloss man auch, sich einen neuen Namen zu geben. Hier gab es die unterschiedlichsten Vorschläge, da jeder Verein einen Teil seines Namens beibehalten wollte. Nur welchen Teil stellt man voran? Kurzum, man konnte sich nicht einigen. Auch der Bezirksausschuss Hadern meldete sich zu Wort und bat bei der Namensgebung auf Laim zu verzichten, da sich die Bezirkssportanlage am Wolkerweg, auf der der Verein seine Spieles austrägt, nun mal nicht in Laim befindet, sondern in Hadern. Um auch die Identifikation mit dem Stadtteil zu dokumentieren, beschloss man letztendlich, zukünftig den Namen FC Neuhadern zu führen.